Projekt Discovering Dengue Drugs – Together byl spuštěn 21. srpna 2007. Jeho cílem je nalézt slibné léky pro boj s horečkou dengue, hepatitidou C, virem západního Nilu a žluté horečky.

  • Virem Dengue se každoročně nakazí kolem 50 milionů lidí a přibližně 40% světové populace převážně v tropickém a subtropickém pásu je ohroženo nákazou. Infekce virem Dengue může způsobit horečku dengue, hemoragickou horečku dengue, šokový syndrom Dengue nebo případně až smrt. Nemoc přenáší komár rodu Aedes aegypti (Culicinae).
  • Hepatitidou C se každoročně nakazí 2% světové populace, přičemž zhruba u 80% nakažených se vyvine chronická forma onemocnění.
  • Infekce virem západního Nilu může způsobit těžká onemocnění nervového systému včetně encefalitidy a meningitidy.
  • Virem žluté horečky se každoročně nakazí stovky tisíc lidí a tento vir představuje závažný problém především v Africe a Jižní Americe. Ačkoli má nemoc u většiny nakažených lidí mírný průběh, zhruba u 15% případů se rozvinou v život ohrožující symptomy s úmrtností kolem 7%.

Tato onemocnění vyvolávaná viry Dengue ze skupiny Flaviviridae jsou dnes považována za nejrozšířenější virová onemocnění s přírodním ohniskovým výskytem. Riziko nákazy některým virem ze skupiny Flaviviridae je v celosvětovém měřítku díky migraci obyvatelstva obrovské.

Slibným způsobem jak bojovat s těmito viry a onemocněními je vyvinout léky, které by zablokovaly NS3 proteázu. NS3 proteáza je enzym potřebný pro reprodukci virů a jeho sekvence aminokyselin a atomární struktura jsou velmi podobné napříč celou skupinou Flaviviridae virů. Od doby, co známe atomární strukturu NS3 proteázy, můžeme využít počítačových simulací k nalezení malých molekul, které by sloužily jako inhibitory proteázy.

WCG klient projektu Discovering Dengue Drugs – Together
Zdroj: http://gallery.czechnationalteam.cz/

V současné době se projekt nachází ve Fázi 1, která za pomoci upraveného klienta AutoDock testuje více než 6 milionů molekul a jejich prostorového zapadnutí do NS3 proteázy. Tyto prostorové výpočty následně rozliší potenciální inhibitory proteázy od nevhodných molekul. Výsledky klienta AutoDock budou následně použity v druhé fázi tohoto projektu. Ve Fázi 2 budou potenciální inhibitory odhalené klientem AutoDock začleněny do databáze a následně podrobně analyzovány programem CHARMM, vyvinutým prof. Martinem Karplusem a jeho kolegy z Univerzity v Harvardu. Podrobný rozbor těchto potenciálních inhibitorů a jejich volné energie programem CHARMM eliminuje nesprávně objevené molekuly a zrychlí proces odhalení potenciálních inhibitorů proteázy. Neobvyklé molekuly se sklonem k blokování proteázy budou následně podrobeny laboratorním testům.

Spuštění těchto komplexních výpočtů molekulární struktury pod hlavičkou WCG výrazně snižuje dobu potřebnou k dokončení tohoto výpočetně náročného projektu. Toto začlenění významně urychlí objevení molekul, které zabraňují replikaci virům Dengue, hepatitidy C, západního Nilu a žluté horečky. Jedná se o důležitý krok vpřed ke zlepšení globálního zdraví.

Zdroje: World Community Grid
Překlad: forest
Korektura: JardaM

Nahoru